Conformément aux priorités de ses pays membres, le CIHEAM collabore avec d'autres organisations et acteurs euro-méditerranéens pour favoriser les synergies et agir dans le but de contribuer à la stabilité régionale, la sécurité alimentaire et nutritionnelle, la santé des populations, la protection de l'environnement et pour faciliter l'accès des jeunes méditerranéens au marché de l'emploi. Il développe donc de nombreux partenariats institutionnels avec des acteurs nationaux et transnationaux du pourtour méditerranéen.
Pour en savoir plus sur les partenariats du CIHEAM, voir les projets en cours et les plateformes de collaboration.